Η §9 του άρθρου 6 του Ν.4030/11 είναι ακόμα σε ισχύ!
ΘΑ καταργηθεί μετά την έκδοση της Υπουργικής Απόφασης που ορίζεται στην §1 του άρθρου 33 του Ν.4495/17.

Η παράγραφος αυτή αναφέρει τα εξής:
"Ενημέρωση του φακέλου της άδειας δόμησης, ανεξάρτητα από το χρόνο ισχύος της άδειας δόμησης, πραγματοποιείται στις ακόλουθες περιπτώσεις:

α) Αλλαγή ονόματος ιδιοκτήτη.

β) Τροποποιήσεις των μελετών, που δεν αλλάζουν το διάγραμμα δόμησης και υπό την προϋπόθεση ότι δεν είναι απαραίτητες εγκρίσεις από άλλους φορείς.

γ) Μεταβολές των διαστάσεων του κτηρίου ή του οικοπέδου, εφόσον με τις αποκλίσεις αυτές δεν παραβιάζονται οι διατάξεις που καθορίζουν την επιτρεπόμενη κάλυψη, τον συντελεστή δόμησης και τον συντελεστή κατ’ όγκο εκμετάλλευσης (σ.ο.) ή τις υποχρεωτικές αποστάσεις του κτηρίου από τα όρια του οικοπέδου. Οι αποκλίσεις αυτές δεν επιτρέπεται να είναι μεγαλύτερες του 2% με μέγιστο τα 10εκ. όσον αφορά το κτίσμα ή μεγαλύτερες του 2% με μέγιστο τα 20εκ. όσον αφορά τα μήκη των πλευρών του οικοπέδου."

Στην περίπτωσή σου οι αλλαγές που αναφέρεις επιφέρουν τροποποιήσεις της αρχιτεκτονικής μελέτης, της στατικής μελέτης και της μελέτης παθητική πυροπροστασίας.
Οι αλλαγές αυτές δεν επηρεάζουν το διάγραμμα δόμησης.
Εγκρίσεις από άλλους φορείς απαιτούνται; Έχεις περάσει ΣΑ;
Αν όχι, τότε απαιτείται ενημέρωση του φακέλου.
Φορολογικά έτσι κι αλλιώς δεν θα απαιτούνταν αφού δεν έχεις τροποποίηση των εμβαδών που τα επηρεάζουν.

Νομίζω όμως ότι η γνώμη μας περιττεύει αφού ο υπάλληλος της ΥΔΟΜ έχει καταλήξει στα συμπεράσματά του και δεν φαίνεται διατεθειμένος να ακούσει ούτε την προϊσταμένη της υπηρεσίας.